巴西龟主要用肺部呼吸，平时会在水面或晒台附近抬头吸气；在水中安静休息时，它还能依靠口腔咽部黏膜、泄殖腔等部位进行辅助气体交换，所以可以稳定完成日常呼吸。整体状态良好时，它的呼吸通常均匀、安静、有节奏，活动后会短暂加快，随后慢慢恢复平稳。
